Die Theatinerkirche besitzt seit Anfang an wegen ihrer Funktion als Hofkirche auch eine Fürstengruft, die eine der wichtigsten Grablegen des bayerischen Herrscherhauses der Wittelsbacher war. Allerdings war es Tradition, die Herzen in der Altöttinger Gnadenkapelle zu beerdigen. Derzeit sind 49 Mitglieder der Familie in der Fürstengruft beigesetzt.
